Τον Ιούνιο του 1645 ο Γιουσούφ Πασάς αποβιβάζει στρατό στα Μεσόγεια Κισάμου και στο Κολυμπάρι και πολιορκεί το φρούριο της νησίδας Θεοδωρού. Στις 15 Ιουνίου 1645 αρχίζει η πολιορκία της πόλης των Χανίων που πέφτει μετά από 57 ημέρες, τον Αύγουστο του 1645, ενώ ολόκληρη η Κρήτη καταλαμβάνεται τελικά από τους Τούρκους το 1669, μετά από 25ετή πόλεμο.
Με την κατάληψη της πόλης, οι νέοι κατακτητές, στην προσπάθεια τους να προσεταιριστούν το ντόπιο πληθυσμό, επαναφέρουν τον ορθόδοξο επίσκοπο Κυδωνίας στην αρχαία του έδρα, τον ναό των Αγίων Αναργύρων, αποκαθιστώντας έτσι την εκκλησιαστική τάξη. Οι νέοι κατακτητές φροντίζουν, εκτός από την μετατροπή των καθολικών εκκλησιών σε τζαμιά, και για την ανοικοδόμηση νέων. Κατασκευάζονται επίσης δημόσια λουτρά, από τα οποία τρία σώζονται μέχρι σήμερα, όπως και δημόσιες κρήνες, συνδεμένες συνήθως με τα τζαμιά, σύμφωνα με τα καθιερωμένα στην μουσουλμανική θρησκεία. Χτίζονται ακόμη δημόσια κτίρια, όπως στρατώνες, νοσοκομεία και άλλες στρατιωτικές εγκαταστάσεις, εκτός από τις ενετικές και γίνεται συμπλήρωση της οχύρωσης του φρουρίου, ενώ απαγορεύεται η οικοδόμηση έξω από αυτό. Η επανάσταση του Σφακιανού Δασκαλογιάννη - Βλάχου το 1770 και το αποτρόπαιο τέλος που του επεφύλαξαν οι Τούρκοι (τον έγδαραν ζωντανό) αλλά και όλες οι επαναστάσεις κατά τον ταραγμένο 19ο αιώνα, επηρέασαν τόσο τις κοινωνικοπολιτικές δομές της Κρητικής ζωής, όσο και τις εξελικτικές διαδικασίες στον διοικητικό και πολιτιστικό τομέα. Η μεγάλη Επανάσταση του 1821 όμως προκαλεί ένα ισχυρό κραδασμό στις σχέσεις των δύο λαών. Στην πόλη των Χανίων όπου έχει συγκεντρωθεί το σύνολο σχεδόν του μουσουλμανικού πληθυσμού της υπαίθρου, οργανώνονται μεγάλες σφαγές του Χριστιανικού στοιχείου. |