Β΄ Βυζαντινή περίοδος 961-1204 μ.Χ.
Με την ανάκτηση της Κρήτης από τον Νικηφόρο Φωκά και την ένταξή της και πάλι στον κορμό της βυζαντινής αυτοκρατορίας, αρχίζει μια νέα περίοδος, που διαρκεί 250 χρόνια. Κύριο μέλημα του Βυζαντίου είναι η αποκατάσταση και σταθεροποίηση της εξουσίας στο νησί, γι'' αυτό και καταβάλλει έντονες προσπάθειες να μειώσει τις συνέπειες της αραβοκρατίας στον πολιτικό, κοινωνικό και θρησκευτικό τομέα.
Στα πλαίσια αυτής της πολιτικής, το Βυζάντιο θα εγκαταστήσει αποίκους από διάφορες περιοχές της αυτοκρατορίας. Μέσα στη δεύτερη Βυζαντινή περίοδο, θα σταλούν από τη Βασιλεύουσα Κωνσταντινούπολη αρχοντικές οικογένειες (τα "Δώδεκα Αρχοντόπουλα") που θα αναλάβουν ηγετικό ρόλο ανάμεσα στον ντόπιο πληθυσμό. Για να αποτρέψουν μελλοντικό αραβικό κίνδυνο, οι Βυζαντινοί οργανώνουν την άμυνα του νησιού και κατασκευάζουν ισχυρά οχυρωματικά έργα στα παράλια και σε άλλες επίκαιρες θέσεις. Στη θέση της Κυδωνίας, που εξακολουθεί να διατηρεί τη στρατηγική της σημασία και πάνω στο λόφο Καστέλι, χτίζεται από τους Βυζαντινούς ένα φρούριο, που σε πολλά του σημεία πατάει πάνω στο αρχαίο τείχος και έχει κατασκευασθεί από τα οικοδομικά υλικά της αρχαίας Κυδωνίας. Στην περίοδο αυτή σημειώνεται κι ένα μοναδικό πολιτικό γεγονός, μια στάση την οποία οργανώνει ο Δούκας της Κρήτης κατά του αυτοκράτορα Αλέξιου Α'' Κομνηνού (1092-1093). Τις πληροφορίες των ιστορικών πηγών για διασυνδέσεις της Κρήτης με την πρωτεύουσα και τη σημαντική θέση της στα ενδιαφέροντα του Βυζαντίου, έρχεται να επιβεβαιώσει η αρχαιολογική έρευνα. Η πόλη ωστόσο έχει χάσει την αρχική της σημασία και για το λόγο αυτό και η Επισκοπή της μεταφέρεται στην κοντινή Αγυιά. Από την περίοδο αυτή σώζονται μόνο μερικά τμήματα του τείχους στο Καστέλι. Μέσα στα χρόνια αυτά φαίνεται ότι πήρε η πόλη και το όνομα Χανιά. |